Biến chứng của phá thai bằng thuốc bao gồm: Phá thai không hoàn toàn và có thể cần phải phối hợp phá thai ngoại khoa (phẫu thuật); Mang thai ngoài ý muốn khi phá thai không thành công; Chảy máu nhiều và kéo dài; Nhiễm trùng, sốt cùng các biểu hiện mệt mỏi, tiêu chảy… Phá thai bằng thuốc không ảnh hưởng đến việc mang thai trong tương lai trừ khi các biến chứng phát triển.
