Trong quá trình gia công xuất khẩu, cty Pung Kook II có đặt gia công tại một doanh nghiệp nằm trong khu chế xuất Tân Thuận, thuộc khu phi thuế quan. Từ tháng 11/2014, khi doanh nghiệp này đưa nguyên phụ liệu vào khu phi thuế quan để gia công, nhận thành phẩm đã nộp 2 loại thuế nhập khẩu và thuế VAT nhập khẩu. Sau khi doanh nghiệp này xuất khẩu thành phẩm ra nước ngoài, phía Công ty Pung Kook II đã đề nghị hoàn thuế nhập khẩu tính trên phí gia công với Chi cục Hải quan Bình Dương. Dựa trên đề nghị hoàn thuế của Công ty Pung Kook II, tháng 2/2017, Cục Hải quan Bình Dương đã có văn bản số 277 do Phó Cục trưởng Nguyễn Trường Giang ký nêu rõ: “Căn cứ khoản 1 Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP danh cho cá nhân, doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất kinh doanh, nhưng đã đưa vào vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm ra nước ngoài được hoàn thuế nhập khẩu đã nộp”. Văn bản do ông Nguyễn Trường Giang cũng khẳng định: Trường hợp của cty Pung Kook II được hoàn lại số tiền thuế đã nộp. Đồng thời, văn bản của ông Nguyễn Trường Giang ký cũng hướng dẫn Công tyPung Kook II liên hệ với Chi cục Hải quan KCN Sóng Thần để làm các thủ tục quyết định hoàn thuế. Người phê duyệt các quyết định hoàn thuế cho Công ty Pung Kook là ông Nguyễn Văn Minh, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Sóng Thần. Theo chỉ đạo nói trên, ông Huỳnh Thanh Nhã, cán bộ Chi cục Hải quan Sóng Thần đã làm tờ trình hoàn thuế cho Công ty Pung Kook II và được các ông Nguyễn Văn Minh, Chi cục trưởng và ông Lê Hoàng Hải, Chi cục phó Chi cục Hải quan Sóng Thần phê duyệt. Theo các tài liệu mà PV có được, từ thời gian từ tháng 11/2014 đến tháng 9/2016, Công ty Pung Kook II đã được hoàn thuế hơn 3,6 tỷ đồng và một số khoản khu khác từ ngân sách nhà nước. Truy thu cũng theo quy định? Đang được thu và hoàn thuế thậm chí có giai đoạn được miễn thuế (năm 2018), tháng 8/2019, Công ty Pung Kook II bất ngờ nhận được liên tiếp 2 quyết định của Cục Hải quan Bình Dương về việc truy thu thuế và xử phạt đối với công ty này với tổng số tiền hơn 31 tỷ đồng. Theo lý giải của Cục Hải quan Bình Dương, trường hợp của Công ty Pung Kook II không thuộc diện hoàn thuế trong giai đoạn nêu trên (2014-2019) nên phải truy thu số tiền đã được hoàn. Trong đó, Công ty Pung Kook II nhập khẩu sản phẩm trở lại sau khi giao nguyên liệu cho doanh nghiệp sản xuất gia công thì phải nộp thuế nhập khẩu theo mức thuế suất nhập khẩu của sản phẩm gia công và thuế giá trị gia tăng đối với phần giá trị tăng thêm (phí gia công) theo quy định. Không đồng ý với quyết định của Cục Hải quan Bình Dương, Công ty Pung Kook II đã nhiều lần gửi văn bản kiến nghị đến các cơ quan chức năng. Đồng thời, cho rằng việc doanh nghiệp được hoàn thuế trong giai đoạn 2014-2016 là theo đúng quy định và hướng dẫn của Cục Hải quan Bình Dương. Mặt khác, theo các quy định về thuế hiện hành, “Công ty được miễn thuế nhập khẩu đối với phần tiền thuê gia công hay còn gọi là phí gia công”. Vượt khỏi tầm giải quyết, Cục Hải quan Bình Dương đã làm nhiều văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan cho ý kiến đối với trường hợp Công ty Pung Kook. Tháng 5/2020, Tổng cục Hải quan đã ra văn bản 3018/ TCHQ -TXNK gửi Cục Hải quan Bình Dương. Theo đó, khẳng định trường hợp Công ty Pung Kook II là doanh nghiệp thực hiện các “sản phẩm gia công tại doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu trở lại nội địa. Vì vậy, doanh nghiệp phải kê khai, nộp thuế nhập khẩu theo đúng quy định”. Đặc biệt, Tổng cục Hải quan dẫn ra 2 căn cứ là Luật thuế Xuất nhập khẩu và Nghị định 134/2016 của Chính phủ nhấn mạnh việc hoàn thuế trước đây của Cục Hải quan Bình Dương cho Công ty Pung Kook II là không đúng quy định. Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu Cục Hải quan Bình Dương sử dụng các căn cứ này để thực hiện đối với trường hợp Công ty Pung Kook II. Cục Hải quan Bình Dương cũng đã tính đến phương án cưỡng chế thuế đối với doanh nghiệp này. Không đồng ý với giải thích và quyết định của các cơ quan hải quan, cực chẳng đã, cuối tháng 7/2020, Công ty Pong Kook đã gửi “đơn xin cứu xét” đến Thủ tướng. Theo Công ty này, trong trường hợp các cơ quan Hải quan Bình Dương không có phương án giải quyết hợp tình hợp lý, doanh nghiệp buộc phải khởi kiện ra tòa. “Trong giai đoạn đặc biệt khó khăn do dịch Covid-19, doanh nghiệp cũng đang chịu tác động rất lớn. Nay thêm các khoản thuế phí này đang đẩy Công ty vào nguy cơ đóng cửa kèm theo bài toán sinh kế cho gần 6.000 lao động đang làm việc” – Công ty Pung Kook cho biết thêm
